Trzecia część przygód międzygalaktycznej łowczyni nagród, Samus Aran.

Sześć miesięcy po wydarzeniach na planecie Aether, sieciowy komputer Federacji Galaktyki ulega zniszczeniu. Federacja podejrzewa, iż problem spowodowany jest działalnością kosmicznych piratów i aby wyjaśnić wątpliwości prosi o pomoc Łowców nagród, w tym również Samus Aran. Stolica Federacji zostaje zaatakowana przez piratów, a Łowcy oczywiście rzucają się w jej obronie. Wkrótce okazuje się, że za całym tym kosmicznym zamieszaniem stoi nikt inny, niż uznana za martwą, Dark Samus.

Akcja gry toczy się na kilku planetach galaktyki, pomiędzy którymi Samus przemieszcza się swoim statkiem kosmicznym, który tym razem odgrywa bardzo ważną rolę. Nie brakuje też, znanych z poprzednich odsłon, gadżetów i funkcji, takich jak grapple beam czy morph ball. Pojawia się też kilka zupełnie nowych. Gracze kierują Samus za pomocą nunchuka, zaś za celowanie odpowiedzialny jest wiilot. Nunchuk wykorzystywany jest także np. do chwytania i przekręcenia mechanizmów.