Naruto Shippuden: Ultimate Ninja Heroes 3, jak wszystkie poprzednie części tej serii jest bijatyką, w której zależnie od wybranej postaci stosować możemy przeróżne techniki ninja. Oprócz tego podczas walki wykorzystujemy przedmioty, jak powiększone shurikeny albo trujące bomby. Pojedynek rozgrywa się na dwóch planach, bliższym i dalszym, między którymi przenosimy się używając prostej kombinacji przycisków.

Tryb fabularny, zwany tu Master Road daje nam możliwość wzięcia udziału w wydarzeniach przedstawiony w drugiej serii anime Naruto. Tym razem fabuła rozciąga się aż do potyczki z członkami organizacji Akatsuki, a dokładniej Hidanem i Kakazu, czyli mniej więcej 88 odcinka. Etapów są tu dwa rodzaje – „battle” to oczywiście pojedynki, „action” zaś zmuszają nas na przykład do ucieczki przed licznymi niebezpieczeństwami.

Oprócz tego mamy również możliwość poznania zdarzeń z perspektywy Sasuke oraz spróbowania swoich sił w historii stworzonej przez firmę cyberconnect2 specjalnie na potrzeby tejże gry.

Nowością w tej odsłonie serii jest wprowadzenie pojedynków do maksymalnie czterech graczy lokalnie. W trybie Master Road możemy zaś zaprosić do współpracy dwóch znajomych, by przejść go wspólnie.